L'affaire du "foulard islamique"a éclaté à l'automne 1989 : trois jeunes musulmanes du collège de Creil, dans l'Oise, venaient en classe avec un "foulard"sur la tête. Des cas semblables apparurent dans d'autres établissements. Le port du "foulard"islamique était parfois accompagné du refus des élèves de participer à certains enseignements (sciences naturelles et éducation physique). L'affaire du "voile », du "foulard"ou du "fichu », les hésitations terminologiques indiquant la difficulté de qualifier le problème, suscita une vive controverse chez les intellectuels et dans l'opinion publique.

Les médias répercutèrent, en l'amplifiant, la querelle sur la signification de cette revendication vestimentaire et sur la qualification de son caractère attentatoire ou non au principe de laïcité. Par ailleurs, il s'y mêla rapidement, mais dans une moindre mesure, la critique de la discrimination sexiste à laquelle ces jeunes filles étaient soumises. Les articles de presse furent si nombreux que l'Agence pour le développement des relations interculturelles (ADRI) publia quatre cahiers de recueil d'articles sous le titre "L'affaire du foulard islamique », comptant près de 5 »00 pages pour la seule période d'octobre à décembre 1989 ! Pour apaiser les tensions qui s'exprimaient, le ministre de l'Éducation nationale Lionel Jospin demanda un avis au Conseil d'État et, s'appuyant sur celui-ci, publia une circulaire ministérielle tentant de résoudre concrètement le problème de la compatibilité du port d'insignes religieux et de la laïcité à l'école publique.

Pour les partisans de la laïcité traditionnelle, la réponse ne faisait aucun doute : "Parce qu'elle s'adresse à tous, l'école n'admet aucun signe distinctif marquant délibérément et a priori l'appartenance de ceux qu'elle accueille. Dans notre société, l'école est la seule institution qui soit dévolue à l'universel (…). La laïcité a toujours été un rapport de forces. Elle est et demeure par principe une bataille, comme le sont l'école publique, la République et la liberté elle-même (…). La République a pour fondement l'École. C'est pourquoi la destruction de l'École précipiterait celle de la République."Les auteurs de ce texte, paru dans l'hebdomadaire le Nouvel Observateur (2-8 novembre 1989), Élisabeth Badinter, Régis Debray, Alain Finkielkraut, Élisabeth de Fontenay et Catherine Kinczier, redoutaient un "Munich de l'école républicaine ».

Cette conception de la laïcité-séparation conduit logiquement à refuser tout signe religieux à l'école publique. Elle fut critiquée par les milieux confessionnels, qui réclamèrent plus de tolérance à l'égard de l'expression religieuse, ce que certains ont appelé la "sainte alliance des clergés ». La position des associations sensibles aux revendications des immigrés était hésitante, comme le MRAP et SOS-Racisme : d'abord favorables à l'acceptation d'une reconnaissance des différences à l'école, elles constatèrent rapidement les limites de leur audience. Quelques intellectuels, en se prononçant pour une "laïcité ouverte"et contre la tentation de l'exclusion des élèves, préconisèrent une école plus favorable à la différence. La femme du président de la République, Mme Danièle Mitterrand, se prononça pour l'acceptation des signes religieux à l'école au nom même de la laïcité : "Si aujourd'hui, deux cents ans après la Révolution, la laïcité ne pouvait accueillir toutes les religions, toutes les expressions en France, c'est qu'il y aurait un recul. Si le voile est l'expression d'une religion, nous devons accepter les traditions quelles qu'elles soient. »