Une justification des politiques agricoles, tout particulièrement dans le discours de l'Union européenne, est leur contribution au développement rural. Ce terme englobe un ensemble de préoccupations qui vont de la répartition harmonieuse de la population sur le territoire au développement économique des zones rurales. Les recherches en économie géographique ont montré l'importance des effets d'échelle et de synergie dans la localisation des activités économiques. Si la population d'une zone rurale tombe au-dessous d'un seuil, alors s'enclenche un cercle vicieux qui conduit à la disparition des services collectifs (poste, école, etc.), des infrastructures (manque d'entretien, manque de recettes fiscales, etc.), des activités de production et à l'exode des populations. La politique agricole peut, à un coût raisonnable, permettre le maintien d'une population suffisante pour échapper à cette dynamique négative.

Pourtant, la justification des politiques agricoles au nom du développement rural soulève un scepticisme de la part de nombreux pays, tant l'argument peut être utilisé pour justifier des politiques agricoles qui n'ont qu'un impact négligeable sur les régions concernées. Cette observation s'applique tout particulièrement aux politiques de soutien des prix et de subventions couplées à la production.

Si l'impact économique du déclin des zones rurales marginales ne doit pas être surestimé, pas plus que les conséquences environnementales liées à l'abandon de terres agricoles (d'ailleurs plus souvent positives que négatives), l'attachement aux valeurs culturelles et à l'entretien de paysages est fort dans les "vieilles" sociétés développées. Il y a là matière à justifier une intervention de l'État. Mais elle passe par des instruments spécifiques et ciblés de politique agricole (promotion des appellations d'origine, protection des savoir-faire traditionnels, politiques de qualité et de différenciation des produits) et, plus encore, non agricole (développement des infrastructures, du tourisme, de l'artisanat, des petites industries, etc.). Plus généralement, ces objectifs ne peuvent être atteints que par une réorientation significative des politiques agricoles vers un ensemble de fonctions plus large que la seule production de biens alimentaires.

La fourniture de biens publics

La rémunération des services territoriaux et écologiques constitue une autre justification des politiques de soutien à l'agriculture. Ces services ont le plus souvent des caractéristiques de biens publics qui font qu'ils ne sont pas fournis de manière optimale par le simple jeu du marché. Il y a donc défaillance de marché potentielle et légitimité économique d'une intervention de l'État.

La spécificité du secteur agricole réside dans le fait que l'activité de production est en mesure, selon les technologies employées, de créer ou au contraire de détruire ces services, qu'il s'agisse de la biodiversité, de l'entretien des paysages, de la qualité des nappes phréatiques, voire même du bien-être animal. Pourtant, l'affirmation selon laquelle l'agriculture produit plus de biens publics qu'elle n'en dégrade, affirmation utilisée pour justifier le niveau du soutien actuel dans plusieurs pays développés, n'est pas réellement documentée (ou, pour le moins, n'est pas suffisamment établie). En France par exemple, tous les rapports de l'Institut français de l'environnement montrent l'importance des rejets polluants de l'agriculture. La contamination des eaux de surface par les nitrates se généralise ; les pollutions des rivières et des nappes par les pesticides sont difficilement réversibles ; les pratiques mal raisonnées de l'irrigation, favorisées en outre par un prix de l'eau faible, sont une menace pour les nappes ; les taux de matière organique des sols agricoles baissent significativement, notamment dans la Beauce, la Brie, l'Aquitaine et le Roussillon ; les zones de grandes cultures commencent à souffrir de phénomènes d'érosion, etc. Un constat semblable peut être fait pour une majorité de pays (El Feki 2000). Ces effets négatifs sont très souvent exacerbés par les politiques agricoles qui n'ont pas su responsabiliser les agriculteurs aux coûts sociaux qu'ils engendrent, la pollution étant même indirectement subventionnée lorsque l'on considère les primes à l'irrigation, le soutien des prix qui pousse à l'utilisation des engrais et des produits de traitement, les différentiels de primes entre le maïs ensilage et les herbages extensifs, etc.