La TVA a été l'impôt pour lequel les premières mesures d'harmonisation fiscale ont été adoptées, cette dynamique provenant notamment du fait que la TVA est une ressource communautaire.
La TVA a ainsi été généralisée à tous les Etats membres par plusieurs directives du début des années 1970 et le principal texte, la sixième directive TVA de 1977, a défini de manière uniforme le champ d'application de la taxe, son assiette, sa territorialité, ses assujettis et encadré ses taux. Par ailleurs, la liste des services povant bénéficier des taux réduits est limitative mais des dérogations individuelles peuvent être accordées au cas par cas. Cependant, ce régime pourrait être refondu si l'on en croit la proposition de la Commission de juillet 2003.
L'encadrement des taux a permis une certaine convergence des taux entre les Etats mais des écarts importants subsistent : le taux normal varie entre 15 et 25%, le taux réduit entre 6 et 17% et le taux super réduit utilisé par 7 Etats membres entre 1 et 4%.
Mais, le principal problème concerne aujourd'hui le lieu de taxation de cet impôt. Le dispositif mis en place par la directive de 1977 repose en effet sur le principe de la taxation dans le pays de consommation et non dans le pays d'achat. Par la suite, un régime transitoire a été mis en place en 1993, après la réalisation du marché intérieur, qui introduit la taxation à l'origine pour les particuliers et maintient le principe de la taxation dans le pays de consommation pour les entreprises.
Il en résulte un régime complexe, générateur de formalités administratives et propice à la fraude. Concrètement, une entreprise produisant dans un Etat A et vendant une marchandises à une entreprise qui commercialise ses produits dans un Etat B vend hors taxe et doit garantir le transfert des produits de A vers B. Ainsi, des volumes importants de marchandises circulent hors taxe dans l'Union européenne. D'après la Cour des comptes européenne, la fraude aurait augmenté de 60% ente 1980 et le milieu des années 1990.
Aujourd'hui, le passage à la taxation dans le pays d'origine semble pourtant difficilement envisageable en raison de l'hétérogénéité des taux au sein des Etats membres de l'Union, laquelle impliquerait l'existence d'un mécanisme de compensation entre les administrations fiscales.
L'absence d'harmonisation de la TVA est donc coûteuse à la fois par la perturbation du fonctionnement du marché intérieur qu'elle entraîne et par la fraude qu'elle favorise directement.